Équipe de Recherche

SIB Institut Suisse de Bioinformatique

The team

L’Institut Suisse de Bioinformatique est un exemple de réussite exceptionnelle à la frontière entre sciences de la vie et informatique. Lors de sa création, en 1998, la bioinformatique n’en était encore qu’à ses balbutiements, en Suisse comme à l’étranger. Aujourd’hui, le SIB est une fondation indépendante à but non lucratif, reconnue d’utilité publique, qui fournit des services de bioinformatique de classe mondiale à la communauté nationale et internationale des sciences de la vie. Il représente également le réseau national de bioinformatique le plus important d’Europe.

Après près de 20 ans d’existence, l’Institut réunit aujourd’hui 65 groupes et près de 800 scientifiques.

La mission du SIB consiste à diriger et coordonner la bioinformatique en Suisse. Nos experts en science des données collaborent pour faire avancer la recherche biologique et médicale et améliorer la santé :

  • en offrant à la communauté nationale et internationale des sciences de la vie une infrastructure de pointe en bioinformatique incluant des ressources, une expertise et des services;
  • en rassemblant des chercheurs de classe mondiale et en organisant des formations en bioinformatique.

SIB SUR LE CAMPUS BIOTECH : FOCUS SUR LA MEDECINE PERSONNALISÉE

Aujourd’hui, un énorme volume de données (Big Data) est généré par les technologies modernes, telles que le séquençage d’ADN à haut débit. Correctement exploitées, les données associées aux patients présentent un intérêt majeur pour les médecins. Cela leur permet de diagnostiquer une maladie à un stade précoce ou d’adapter un traitement sur-mesure. C’est ce qu’on appelle la médecine personnalisée.

Le SIB joue un rôle majeur dans le paysage de la médecine personnalisée en Suisse en partageant son expertise en bioinformatique avec les hôpitaux et en bâtissant l’infrastructure qui permettra aux données de patients d’être utilisées pour la recherche et ainsi d’encourager de nouveaux développements.

Dans ce contexte, trois groupes du SIB dédiés à la santé personnalisée travaillent sur le Campus Biotech :

  • Bioinformatique clinique : créé en 2013, ce groupe fait le lien entre le monde de la bioinformatique et la communauté médicale. Son principal objectif consiste à collaborer avec les hôpitaux suisses afin de créer un pont entre les pratiques médicales actuelles et les progrès technologiques. Les missions de l’équipe visent donc à établir de bonnes pratiques communes entre les hôpitaux suisses pour l’analyse haut débit des données «-omiques» dans le cadre du diagnostic. Il s’agit également de développer, mettre en œuvre et soutenir des approches et outils de pointe pour les futures besoins technologiques et médicaux dans le domaine de la science des données.
  • Swiss-Prot : composé d’une cinquantaine de biocurateurs, ce groupe est un centre de compétences chargé de développer et d’entretenir la base de données UniProtKB/Swiss-Prot, la ressource sur les protéines la plus utilisée dans le monde, en collaboration avec l’Institut européen de bioinformatique (EBI, GB) et le Protein Information Resource (PIR, USA). Le groupe Swiss-Prot travaille aussi sur les bases de données PROSITE, ENZYME, HAMAP, RHEA, SwissLipids et ViralZone.
  • Vital-IT : l’équipe pluridisciplinaire de scientifiques et techniciens Vital-IT gère un centre de compétences en bioinformatique et biologie computationnelle afin de faire le lien entre recherche fondamentale et recherche appliquée. Ce centre permet aux scientifiques d’accéder à des infrastructures de calculs de toute dernière génération (traitement, stockage et archivage) ainsi qu’à une expertise en matière d’analyse des données et de développement d’algorithmes. Vital-IT collabore avec les scientifiques pour élaborer des solutions de calculs qui facilitent leurs recherches ou pour transformer leurs idées en logiciels de qualité. 

En outre, le SIB a été retenu par le gouvernement suisse pour mettre en place et gérer deux types d’infrastructures de données au sein de l’initiative SPHN (Swiss Personalized Health Network) : le Centre de coordination des données SPHN et BioMedIT.